No futuro, em meio a crescentes tensões entre humanos e androides, os irmãos Mega Man e Zero enfrentam uma ameaça sem precedentes uma civilização alienígena determinada a destruir a humanidade. Enfrentando inimigos poderosos, batalhas espaciais e traições surpreendentes eles lutam para deter os planos nefastos dos invasores e salvar não apenas a Terra, mas todo o universo conhecido.